人体呼吸道由上、下两个部分组成，作为与外界的通道，上、下呼吸道都应该是微生物栖息地，但是长时间以来对于下呼吸道菌群的认识濒于空白，人类微生物组计划［1］（human mi-crobiome project，HMP）也没有把下呼吸道菌群研究列入研究范围，主要原因如下：（1）由于呼吸道上皮细胞的纤毛摆动和黏液的作用，细菌和其他颗粒物质被推向上呼吸道或沉降到呼吸道壁上，到达不了下呼吸道，加上传统微生物培养技术的局限性，所以传统观点认为下呼吸道是无菌的；（2）下呼吸道取样困难，临床上主要通过“自然咯痰法”［2］获取痰样来分析下呼吸道中的菌，但是样本会通过口咽部，造成污染，无法准确反映下呼吸道菌群状态。近年来随着支气管镜技术应用于下呼吸道样本采集、高通量测序等基因组学技术［3］广泛应用于机体菌群分析，人们对下呼吸道菌群的认识由浅入深有了突飞猛进的发展。本文综述了近年来关于人体下呼吸道菌群研究的新进展，特别关注了健康和呼吸道疾病状态下呼吸道菌群组成差别，探讨分析了下呼吸道菌群与呼吸道疾病的可能联系，以期从菌群调整角度为呼吸道疾病的治疗提供新思路。