由于克罗恩病是原因不明的非特异性肠道炎性疾病，临床表现多种多样，轻重程度不同，因此在治疗上要根据患者的病情，采取恰当的个体化治疗方法。

治疗原则

　　 克罗恩病尚无特殊治疗方法。无并发症时，支持疗法和对症治疗十分重要，可缓解有关症状。解痉、止痛、止泻和控制继发感染等也有助于症状缓解。
　　基本治疗目标是缓解病人的症状，缓解本病病情，防治并发症，提高病人的生存质量。具体来讲，主要有药物治疗（也称保守治疗）和手术治疗两种方法。总体来讲，克罗恩病采用以内科治疗为主、外科治疗为辅的策略。

药物治疗

　　主要分为活动期和非活动期的治疗。活动期比较常用的主要是阿司匹林制剂。如果是比较严重的病人，也可应用6-巯基嘌呤等免疫抑制剂、肾上腺皮质激素等。最新的治疗药物有抗肿瘤坏死因子的单克隆抗体等。
　　非活动期治疗是指活動期的症状缓解后要进行维持治疗。一般来讲，常用阿司匹林制剂进行维持治疗。但具体也要根据病情而定。如果用免疫抑制剂，可能要逐渐减量，肾上腺皮质激素也要逐渐减量。应用氨基水杨酸和糖皮质激素取得缓解者，可用氨基水杨酸制剂维持治疗。维持治疗需要用药三年以上。
　　克罗恩病治疗应用的药物，主要包括以下几大类。
　　⒈氨基水杨酸制剂。如美沙拉嗪、艾迪莎等。这类药一般来说适合轻度或中度的患者和初发的患者。如结肠型或回肠末段结肠型的维持治疗。
　　⒉硫唑嘌呤（AZA）。是激素诱导缓解后用于维持治疗的最常用药物，属于硫嘌呤类免疫抑制剂。起效慢，一般用药12～16周即可达到最大疗效。用药期间需要根据疗效和不良反应调整剂量。临床常用方案，用药第1周先予小剂量，排除非剂量依赖不良反应;若出现剂量依赖不良反应如骨髓抑制，应暂时停药，待不良反应消失后减量再用;如用药3～4个月疗效不佳但无不良反应，可加量使用;若确认无效或出现不良反应则应该停药。AZA的不良反应多在服药3个月出现，尤其以1个月内最常见，主要不良反应有胃肠道反应、骨髓抑制、胰腺炎、肝功能损害、皮疹、脱发等。用药期间必须全程监测，定期随访，1个月内每周复查1次血常规、1个月复查肝功能;之后每个月复查血常规、每3个月复查肝功能;半年后复查血常规，间隔时间可视情况延至每2～3个月。用AZA维持缓解4年后可考虑停药。
　　⒊6-巯基嘌呤（6-MP）。属于硫嘌呤类免疫抑制剂，AZA是6-MP的前药。使用方法和注意事项同AZA。
　　⒋氨甲蝶呤（MTX）。适用于硫嘌呤类药物无效或不能耐受者。MTX用药12周达到临床缓解后，可改为每周肌内或皮下注射，也可改为口服，但疗效可能降低。疗程可持续1年，更长疗程的疗效及安全性尚无推荐意见。MTX的不良反应以早期胃肠道反应（恶心、呕吐、腹泻等）常见，叶酸可减轻胃肠道反应，应常规同用。其他不良反应主要是肾毒性、肝毒性、骨髓抑制和肺炎，用药的前4周每周及之后每个月应检测血常规和肝功能。用药期间及停药后数月内应避免妊娠。
　　⒌英夫利西。适用于英夫利西诱导缓解的维持治疗。一般认为，对低复发风险患者，即英夫利西维持治疗达1年，可保持临床无激素缓解。伴黏膜愈合及C反应蛋白浓度正常者，可考虑停用英夫利西，继续以免疫抑制剂维持治疗。停用英夫利西后复发者，可再次使用英夫利西，且仍会有效。
　　在维持治疗过程中，患者须定期到门诊随诊，通过观察患者的病情，做一些药物方面的调整。克罗恩病服用何种药物，应根据患者的病情严重程度、临床表现等因素而定。因为情况比较复杂，必须在明确诊断后由医生来慎重确定如何用药，病人切勿自行购药用药。