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通过麦盖提斜坡西段上石炭统对比研究发现，该区石炭系内部存在两个重要的不整合面：一个不整合面位于二叠系南闸组与石炭系小海子组大套灰岩内，该不整合面在覆盖区不仅具有明显的岩电特征，而且还具有重要的控油作用；另一个不整合面在麦盖提斜坡西段石炭系卡拉沙依组顶部，是一个大的区域不整合面，推测该不整合面是受晚石炭世海退作用及构造运动共同影响的结果。