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推进学院制改革已经成为新建本科院校改革与发展的一项重要课题和重大任务。基于新建本科院校的实际情况，以常熟理工学院为例，围绕合理界定校内三级责权利关系、明确职能部门推行学院制的职责、构建学院内部的运行机制、选择合适的学院制运行模式、形成学院制改革的制度保障等五个方面的问题，论述了常熟理工学院在推进学院制改革方面的实践做法与理论思考。