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远距离转录调控是指增强子、沉默子和隔离子等顺式作用元件参与的组织和发育特异性基因的表达调控。其调控元件可位于距转录基因很远的DNA区域，甚至分布于邻近基因内含子中。随着人类基因组计划和各种模式生物测序工作的完成，为大规模快速查找远距离调控元件提供了新的手段。由于基因组结构的复杂性，很难建立统一的基因表达调控模型，目前认为启动子与增强子的相互作用是组织和发育特异性基因成功表达的关键。另外，远距离转录调控机制一旦破坏还将导致疾病的发生。