目的:分析安徽省新农合按病种付费下的冠心病患者住院费用结构及其影响因素。方法:通过安徽省农村合作医疗管理中心信息系统,随机在皖北、皖中、皖南各抽取3县,共计9个县,获取2012年1月—2015年9月实施按病种付费的全部冠心病患者住院费用清单共计3 365例,采用描述性统计、结构变动度和多元线性回归进行分析。结果:按病种付费下的冠心病住院患者次均住院费用总体呈下降趋势,皖北总体波动下降、皖南逐年递减、皖中波动上升;药品费和材料费是住院费用的主要构成;影响患者住院费用的主要因素是就诊层次、住院天数、是否手术、地区和年份等。结论:实施按病种付费可有效控制次均住院费用增长;政策实施要关注地区差异,促进区域内均衡发展;控制医疗费用增长,应着重控制药品费和材料费的占比;同时应努力促进医疗联合体的构建和分级诊疗的实施、合理缩短医院平均住院日、控制手术指征等,从而更好地控制医疗费用。