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1999～2004年的调查结果表明,浙江省香菇生产过程中病原微生物、竞争性杂菌共有84种,分别属于真菌、细菌、粘菌、放线菌和病毒5个门,其中木霉、毛霉、根霉、黄曲霉、酵母菌、链孢霉引起的病害为浙江省香菇的主要病害.香菇害虫分别属于节肢动物门和软体动物门,共92种,其中,平菇厉眼菌蚊和黑粪蚊为浙江省香菇害虫优势种群,真菌瘿蚊为重要害虫.