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近年来对钙离子在蓝藻信号传导中的潜在作用进行了研究。大量证据表明，蓝藻能够“感知”与“区分”不同的环境刺激，并以钙瞬变的形式产生反应。这是不同的环境刺激所引起的钙离子的内流或外流的结果。由氮缺乏所引起的钙信号对丝状蓝藻鱼腥藻异型胞的分化非常关键。鱼腥藻PCC7120中钙结合蛋白（CcbP）的发现为钙信号在蓝藻中的作用提供了进一步的证据，CcbP的降解或表达下调是氮缺乏时钙信号产生的主要原因。但是与真核生物相比，蓝藻钙信号的编码与解码机制还不清楚。因此，为了解钙信号如何在蓝藻中发挥作用，还要进行系统的、深入