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采用ISSR分子标记技术获得华中利川莼菜和华东苏杭莼菜品种间的DNA指纹图谱,以构建其分子身份证。利用莼菜基因组DNA的ISSR扩增带型多态性分析数据,对居群间UPGMA聚类分析显示6个莼菜居群形成华中利川和华东苏杭2个分支。个体间UPGMA聚类分析也显示华中利川3个居群的23个莼菜个体聚类成一个分支,而华东苏杭3个居群的23个个体聚类成另一分支。其中,3条核心ISSR引物(P817、P825、P845)扩增产生的指纹图谱,可用于构建苏杭莼菜和利川莼菜2个地域性品种特异的分子身份证。研究结果表明:ISSR