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【目的】明确几种不同配方对牛粪、羊粪、鸡粪有机肥发酵过程中菌群变化的影响及其育苗效果。【方法】以不同配方分别处理牛、羊、鸡粪,经30 d的保温、厌氧发酵制成有机肥,采用PCR-DGGE、Biolog生态板技术解析菌群变化情况及碳代谢活性;采用番茄穴盘育苗实验评价肥效。【结果】从DGGE分离菌肥微生物结果为乳酸杆菌属（Lactobacillus sp.）和魏斯氏菌属（Weissella sp.）所占比例较大,乳酸杆菌属（Lactobacillus sp.）为40.4%魏斯氏菌属（Weissella sp.）