【摘 要】
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山楂为我国传统中药,含有机酸和三萜酸类等活性成分,具有重要的药用和食用价值.为研究山楂不同发育时期的基因表达差异并挖掘山楂有效成分生物合成的基因,本研究利用Illumina Hiseq 2000高通量测序技术对同一产地不同发育时期的山楂果实进行转录组测序和生物信息学分析.经Trinity软件组装后获得78496条Unigenes,平均长度为941 nt,其中58395条Unigenes能被NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO等公共数据库注释.对注释得到的Unigenes进行KEGG代谢
【机 构】
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安徽中医药大学药学院,安徽合肥230012;中国中医科学院中药资源中心,道地药材国家重点实验室培育基地,北京100700;中国医学科学院道地药材研究创新单元(2019RU57),北京100700;安徽
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山楂为我国传统中药,含有机酸和三萜酸类等活性成分,具有重要的药用和食用价值.为研究山楂不同发育时期的基因表达差异并挖掘山楂有效成分生物合成的基因,本研究利用Illumina Hiseq 2000高通量测序技术对同一产地不同发育时期的山楂果实进行转录组测序和生物信息学分析.经Trinity软件组装后获得78496条Unigenes,平均长度为941 nt,其中58395条Unigenes能被NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO等公共数据库注释.对注释得到的Unigenes进行KEGG代谢通路分析,有52条Unigenes编码15个关键酶参与柠檬酸循环,有62条Unigenes参与山楂的三萜合成通路.同时,本研究克隆获得了2个鲨烯环氧酶基因CpSQE1、CpSQE2并进行了生物信息学分析,结果表明CpSQE1和CpSQE2 ORF全长分别为1594 bp、1597 bp,分别编码530、531个氨基酸,蛋白质分子质量为57.6 kDa、57.5 kDa,生物信息学分析表明CpSQE1和CpSQE2蛋白保守区都含有一个PLN02985 superfamily保守结构域,均属于鲨烯单加氧酶超家族,系统进化树显示CpSQE1、CpSQE2均与其他植物中具有鲨烯环氧酶功能的SQE聚为一支.该研究为进一步挖掘山楂有效成分生物合成过程中的关键基因,解析调控其有效成分生物合成途径提供研究基础.
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