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内部会计控制制度可以使农业科研单位获得真实完整的财务信息，提高会计工作的效率，保障科技资产的安全，推动科研和开发任务顺利实施。针对农业科研单位目前内部会计控制的现状，提出科研主体单位采取适度控制的设计原则；指出不相容账务分离，授权审批制度，财产保全制度，国库集中支付及其预算控制制度等是内部会计控制的主要方法；明确程序控制即通过规范业务开展的先后顺序进行控制，是内部会计控制的基本路线图。