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目的 分析不同品种牛膝(怀牛膝、红牛膝)的3个成分含量及高效液相(HPLC)指纹图谱,明确它们的物质基础差异,为两种牛膝的临床用药区别提供理论依据.方法 通过超声提取法制备样品,采集HPLC图谱,比较3种成分含量差异.建立不同品种牛膝指纹图谱共有模式,并采用聚类和主成分分析综合评价不同品种牛膝质量.结果 怀牛膝、红牛膝蜕皮甾酮含量范围分别为0.0413％～0.0526％、0.0439％～0.0473％,25-R牛膝甾酮含量范围分别为0.0073％～0.0121％、0.0044％～0.0048％,25-S 牛膝甾酮含量范围分别为0.0166％～0.0231％、0.0058％～0.0064％.不同品种牛膝指纹图谱共标定了 10个共有峰,指认了 3个色谱峰,两种牛膝的指纹图谱相似度差异不大;峰Z1、Z4为怀牛膝的特征峰,峰Z2、Z3、Z5为红牛膝的特征峰;怀牛膝的峰1、2、3、6、7、8、9、10的相对峰面积大于红牛膝,而4号峰的相对峰面积小于红牛膝.结论 怀牛膝、红牛膝的化学成分种类和物质积累存在明显差异.