1948年8月，国民政府摇摇欲坠，时在美国哈佛大学白利罕医院治疗慢性高血压的傅斯年，不会不知道自己服膺的政府已经到了不可收拾的地步了。不顾亲友们提醒他不要回国的劝告，耿直的傅斯年还是决定回来与蒋氏的“旧朝”共存亡。这一年年底，有两件事深深刺激了傅斯年——他去南京机场迎接他自己派出的抢救北平杰出学者南下的飞机，看到机舱里稀稀拉拉只有少得可怜的几名学者，失望之极，当场哭了起来；不久，又知悉陈布雷、段锡朋两位老友自杀，心情更是坏到极点。王汎森所著《傅斯年：中国近代历史与政治中的个体生命》一书临近悲怆结尾的时候，现代文化史上一个反思中国文化命运的独特细节被著者发掘出来，王汎森写道：“他（傅斯年）把自己在一个小房子里锁了三天，反复背诵陶渊明的一首诗……”
　　他背诵的是靖节先生《拟古》第九首：
　　种桑长江边，三年望当采。
　　枝条始欲茂，忽值山河改。
　　柯叶自摧折，根株浮沧海。
　　春蚕既无食，寒衣欲谁待？
　　本不植高原，今日复何悔！
　　无独有偶，傅的师友胡适，也在1949年1月2日的日记中，记下了这首陶诗。此景此情，并非文人的浪漫情怀，而是身处一个风雨飘摇的大时代，一代精英对于亲身参与建构的中国文化深恐前功尽弃的担忧。
　　傅斯年和胡适，都是五四新文化运动的亲历者。胡是运动的造势者与发起人，傅的老师。傅是五四运动的学生领袖。1919年5月4日，正是一腔热血的傅斯年，领着三千多名学生，向北京的使馆区进发，从而引发了影响深远的五四运动。
　　早在北大求学时，傅斯年已经是一个引人注目的人物。他主编的《新潮》杂志，因言论激进，影响力超过《新青年》。受新文化运动影响，6岁就接受传统古典教育的傅斯年，曾公然宣称要革新中国的语言。与钱玄同等人的理想一样，傅“主张在十年之内废除中国的表意文字”，“以拼音文字摧毁中国传统文学，然后建立新的文学”。这样表白的时候，他的矛盾就显露出来了。人们发现，他执笔的《新潮》的《发刊旨趣书》，竟然是以他发誓要消灭的文言文撰就。
　　从20年代末开始，他因组织并领导了一个以史语所为核心的学术群体而誉满天下。史语所聚集了史学大师陈寅恪、现代语言学之父赵元任、考古学之父李济等第一流学者。史语所以安阳殷墟的发掘震惊世界。在此之前，胡适、顾颉刚等人认为商朝是一个文明程度较低的石器时代。殷墟的发掘，使得殷商是一个“充分发展的铜器时代”成为共识。这次考古既重视地下实物发掘，又充分考虑了地层问题，运用的是西方的现代考古法。
　　傅斯年终身任职史语所所长。他鼓励专题研究，却“禁止通过编写历史或制造任何历史哲学来回答当下的政治问题”。但，“九一八”事变后，作为民族主义者的傅斯年，也在思考“书生何以报国”这个紧迫的当下问题。1932年，傅仓促写出《东北史纲》第一卷，以反对日本推销的《大东亚民族史》等历史书，同时向以李顿为首的国联证明东北（傅斯年拒绝使用“满洲”一词）自古就是中国不可分割的一部分。傅的写作，与史语所定下的客观性的历史原则相抵牾，他的“民族情感压倒了学术规范”，因此备受同行批评。
　　但傅斯年在这个矛盾里还有走得更远的时候。30年代，费孝通、顾颉刚等利用羁旅西南的时机开始从事民族性研究，发现西南的少数民族与汉族间的差异。他们撰文发表了这一研究成果。而此时的日本，刚刚占领印度支那，极力宣扬中国西南少数民族是泰国人，与汉人没什么民族联系，怂恿他们脱离中国政府。出于爱国情怀，傅斯年认为这些学者“无聊”，不应该在“中华民族是一个”之大义上添乱。毫无疑问，这个素有“学霸”之称的傅胖子，是一个民族主义者和爱国者。但涉及历史客观性和急切的政治需要之间，不免矛盾重重。
　　骨子里，傅斯年有强烈的反传统倾向，早年对孟子哲学抱有敌意，而到1949年前后却觉得“此公（孟子）可爱”而大读《孟子》，并要求所有台大一年级新生必须读孟。他后来还说到了“新文化运动”这一术语的不通……王汎森敏锐地发觉：1931年之后，五四的理想逐渐变成了傅斯年的一个负担。这个曾经发明“二十年不谈政治”、“做学问不问实际运用”等口号的傅胖子，身处20世纪前50年，面对日本的入侵以及国共两党的对决，不可能幸免于政治。他激烈地批蒋，同时尽力护蒋；他多次向蒋上书，直至赶走孔祥熙、宋子文两任行政院长，成就一名现代诤臣。但他关于学术独立的理想，被证明不过是一种奢望。他本人从一名激进的学生领袖到成为解决昆明学运的官方角色；他服膺西方却很少使用“民主”一词。种种现象，杂陈在傅斯年身上，真可谓“一团矛盾”。