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药物流行病学研究中面临的实际问题，如数据的缺失或不完整，推动了药物流行病学方法的发展。例如针对实际研究只能获得病例组混杂因素情况，对照组混杂资料难以得到，1991年Maclure提出评价药物急性不良事件危险性时，选择病例源人群时最好的对照来源是病例自身，因而提出了病例交叉设计（oasecrossoverdesign），这种对研究对象的自身暴露情况做出比较的自身对照方法，尤其适合估计短暂药物效应相关的急性不良事件危险性，近年来还引发了药物处方数据库研究技术的发展，这些方法在药物疗效研究评价中扮演着重要的角色