杂种劣势是在产量、生物量以及其它一些农艺性状表现恰好与杂种优势相反的一种现象,而在杂种劣势的相关分子机理研究方面很少受到关注。为了解析杂种劣势的相关分子机理,本研究旨在利用杂种劣势相关的三个粳稻品种“Aranghyangchalbyeo”(ch7)、“Sanghaehyangheolua”(ch8)和“Shinseonchalbyeo”(CH9)进行全基因组重测序,分析全基因组序列变异,解析杂种劣势的遗传基础。通过与粳稻品种日本晴参考基因组的比对分析,在CH7、CH8和CH9基因组中分别获得了574 551、1 026 428和792 465个变异位点,包括SNPs和InDels变异位点。同时,基于基因组的拷贝数变异(CNVs)检测,在CH7、CH8和CH9基因组中分别获得了5698、6872和6133个拷贝数变异位点。此外,本研究也发现CH7、CH8和CH9基因组的变异位点在水稻的12条染色体上的分布是不均匀的。这些结果明确了相关基因组中的变异位点信息,为进一步研究杂种劣势的遗传机理提供了基础。