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生态工程是一门着眼于生态系统持续发展能力的学科。它根据整体、协调、循环、自生的生态控制论原理去系统设计、规划和调控人工生态系统的结构要素、工艺流程、信息反馈关系及控制机构，在系统范围内获取较高的经济和生态效益。它不同于传统末端治理的环境工程技术和单一部门内污染物最小化的清洁生产技术，生态工程强调的是资源的综合利用，技术的系统组合，学科的边缘交叉和产业的横向结合。