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最近几年参加了全国科学技术名词审定委员会组织的《生物化学与分子生物学名词》(第二版)审定和《英汉生物学大词典》的编撰,同时笔者编写了《蛋白质导论》一书。在这过程中,深感蛋白质定名是一个非常复杂、令人烦恼和困惑的事。
早年蛋白质的命名相对比较简单,因为蛋白质的研究是从分离、纯化和理化性质鉴定开始,而后进行功能研究。蛋白质的命名就是根据来源、分离的过程、理化性质和功能等特征来确定[1]。译名确定也比较简单,基本是直译。但是,由于早年技术条件的限制,对一些活性物质的结构特征还不了解,因此,在译名时,广泛地使用了“素”。除了抗菌素和维生素,很多物质也被称为“素”,某些蛋白质也不例外,胰岛素就是一个典型的例子。
随着越来越多的物种的基因组完成了全序列的测定,一个基因对应了一个蛋白质,为此,蛋白质的数量几乎在以指数曲线的形式增加。这就使蛋白质命名的问题更加突出。
基因的主要职责是负责遗传信息的传代和蛋白质的编码,对它们的命名和定名似乎没有遇到什么困难。与表型明确相关的,就用一个名词,如notch、wingless、sex lethal等。还经常给予基因一个缩写和编号,例如参与细胞分裂调节(cell division control)的基因为cdc,因有关的基因很多,就在其后加上数字编号,cdc4、cdc25等;一时还无法了解其生物学意义的基因也可以用一个符号。
然而,蛋白质与基因却有明显的不同,因为提起蛋白质,一定会联想到它们的性质和功能。在功能仍不清楚的情况下,对蛋白质的命名当然也可以用符号。根据分子质量就命名了很多蛋白质,例如p53、p21等。这样的命名也有不全面之处,因为分子质量相同的蛋白质在自然界中是不胜枚举的。在同一个复杂的体系中得到的诸多蛋白质也使用了编号,例如核糖体中的蛋白质,定位小亚基上的冠以S,定位在大亚基上的以L开头,然后是数字编号;构成核孔的许多蛋白质就用NuP加数字表示。这些符号为蛋白质的命名减少了很多麻烦。至于对有明确生物学含义的基因所表达得到的蛋白质,通常是将斜体扶正,也即认为是对蛋白质的定名,例如notch基因的表达产物,即定名为notch蛋白(质)。笔者认为不应简单地以外文定名,而应该以其生物学意义对蛋白质命名或定名,notch基因的表达蛋白质应定名为刻缺蛋白。
蛋白质定名,更多的是蛋白质英文译名的确定,看似简单,但仍遇到很多问题。
首先是,很多学者,尤其是医学工作者,仍然喜欢使用“素”,例如integrin被称为“整合素”。早年在不了解某种活性物质的属性时,使用“素”字无可非议,如今已明确知道integrin是一类蛋白质,若译名能反映其属性,则更确切。即“整合蛋白”(或“整联蛋白”)比“整合素”合适;“泛蛋白”比“泛素”更好。目前一些生物学出版物中,往往还是将两者并用[2]。对此笔者建议定一个原则,如果一个活性物质其属性已确定为蛋白质或肽,则其译名应尽量使用“某某蛋白”或“某某肽”,如defensin,可定名为“防卫肽”而非“防卫素”。
其次,在确定译名时,应尽可能地考虑到外文名的由来,不必根据外文词直译。例如selectin曾被译为“选择素”,其实其词根是lectin,含凝集素的意义,将其译为“选择凝(集)素”或许更合理,简化为“选凝素”则更简洁。同理collectin的直译则是“收集素”,根据外文的构词,其词根也是lectin,前缀col来源于collagen,全面考虑,则其译名以“胶原凝(集)素”为佳。另外,外国人很喜欢显示他们的特有文化。例如,Janus kinase(一种激酶)多被直译为詹纳斯激酶(Jak)[2],其实Jak兼有转录因子的功能,同时英文中Janus是罗马神话中的一位具有两副面孔的门神,既看前面,又看后面,January(一月)便是既看过去的一年又看即将来临的一年之意,因此考虑到Jak既看信号的传送,又看到蛋白质的转录,译为两面激酶也是一个不错的选择。再如,一种促进胚胎头部发育的蛋白质,英文名为cerberus,当然可以音译为“塞贝鲁斯”,但因原文为希腊和罗马神话中守卫冥府入口的三头狗,故建议定名为“促头蛋白”。另有一些名称是根据原国文字的特点用英文命名。例如ryudocan,此词源于日文的ryudousei,意为流动状态,因此根据英文是无法给予确切的译名的。对这样的定名,最好是追溯该词的由来,即查阅原始文献,根据作者的命名依据,进行译名的确定。为此,笔者建议将ryudocan定名为“流态蛋白聚糖”。
这样来定名一个术语是很费力耗时的,但这能使定名更确切,能够望文生义。
理想的译名应兼顾音译和意译两方面。gene译为基因是典型佳作,因它是遗传时的“基(本)因(素)”。motif是一个法文词,有多种含义,但是均离不开“基本构件”的意思,曾译为“基序”(基本的序列),后来在蛋白质的立体结构中也使用此词,显然“基序”不足以涵盖全部含义,笔者建议定名为“模体”,意为“规范的实体”,且与外文谐音。目前使用“模体”的人在增多。SUMO是一个使用日益频繁的缩写,其全名是Small Ubiquitin-related Modifier。如果使用全名“小的泛素相关修饰剂”,似乎太长,失却了使用缩写的意义,为此,笔者建议定名为“修模蛋白”,既是音译,也考虑其在修饰时,被整体地作为模块使用。
在外文中,经常将一个词组中各个词的词头组合在一起,构成新词,并以此命名蛋白质。serpin的全名是serine protease inhibitor,笔者曾提议定名为“抑丝酶”,但遭到从事酶学研究的同人反对,认为这样的定名会误导为这是一种酶,而非抑制剂。他们的顾虑不无道理。但是,笔者认为既然是一个缩写,就应尽可能地以缩写来定名,以全名的译名作为缩写的译名,似乎总有些别扭。缩写PTEN的全名是phosphatase and tensin homology deleted on chromosome ten,其译名为“在10号染色体有缺失的磷酸酶及张力蛋白同源蛋白”,若将4个英文字母的缩写译为一长串中文则使人哑然。建议此缩写译为“10号蛋白”或“十号蛋白”。
对这类词头组合词命名时使用音译是下策,
但有时又是无奈之举,如ADAM为英文词组a disintegrin and a metalloproteinase的词头组合词,全称为“解整联蛋白及金属蛋白酶”。创造ADAM缩写的这位学者肯定是联想到人的祖先,那不妨将其定名为“亚当蛋白”。与serpin类似的还有eppin,其全名为epididymal protease inhibitor(附睾分泌的蛋白酶抑制剂),在全面考虑后,很难给出确切译名时,建议主张音译为“艾匹”;serpin也不妨音译为“丝匹”。
在一种材料中,分离得到多种不同功能的蛋白质是很自然的。然而,往往将一种较先发现的、功能特定的蛋白质命名为此材料中蛋白质的总称。例如在由栝楼根制备得到的天花粉中提取的核糖体失活蛋白质曾被定名为天花粉蛋白,英文为trichosanthin[2]。其实,在天花粉中至少还存在着另一种凝集素,因此,trichosanthin定名为天花粉毒蛋白更确切。
大量的事实表明,一个蛋白质,即使分子量不是很大,也可以呈现几种不同的功能,因此,对这类蛋白质的命名如果仅反映了其形状和功能的一个方面,似乎总有缺陷。可是,这是无法避免的。因为随着研究在不断地深入,开始的命名肯定无法涵盖以后研究的成果。然而,往往几个实验室同时研究一个蛋白质,各自又根据自身的研究结果对此蛋白质进行了不同的命名,例如L-选凝素,
这些名称的统一是很有必要的[3]。这一蛋白质,在得到cDNA时,因其相当于MEl-14抗原而被命名为MEl-14。但是在得到其cDNA以前,各家实验室对其已有不同的称谓:LEC-CAM、Ly-22、Leu8、TQ1、DREG-56和LAM-1等。后经多方协商,最后定名为L-selectin,译名为L-选凝素。
总之,蛋白质的命名是一个非常复杂的问题,上面仅是笔者碰到和所能想到的一些难处。如果能有一个为绝大多数人认可的蛋白质命名原则或规则,那么,任何人在遇到新的蛋白质外文名词时,就能根据这个规则提出建议的译名,而后经多方确认后,就可给予正式的定名。这样,可以使蛋白质的命名“群众化”,每一位从事蛋白质科研、教学的人员都能为蛋白质命名贡献力量。在群策群力的基础上,使得中国的学术刊物更多地使用规范的中文学术名词。
参 考 文 献
[1]王克夷.蛋白质导论.北京:科学出版社,2007:2-4.
[2]金冬雁,黎孟枫.英汉分子生物学与生物工程词汇.北京:科学出版社,2003.
[3]http://cn.expasy.org/uniprot/P14151.
王克夷:中国科学院上海生命科学院生物
化学与细胞生物学研究所,200031
早年蛋白质的命名相对比较简单,因为蛋白质的研究是从分离、纯化和理化性质鉴定开始,而后进行功能研究。蛋白质的命名就是根据来源、分离的过程、理化性质和功能等特征来确定[1]。译名确定也比较简单,基本是直译。但是,由于早年技术条件的限制,对一些活性物质的结构特征还不了解,因此,在译名时,广泛地使用了“素”。除了抗菌素和维生素,很多物质也被称为“素”,某些蛋白质也不例外,胰岛素就是一个典型的例子。
随着越来越多的物种的基因组完成了全序列的测定,一个基因对应了一个蛋白质,为此,蛋白质的数量几乎在以指数曲线的形式增加。这就使蛋白质命名的问题更加突出。
基因的主要职责是负责遗传信息的传代和蛋白质的编码,对它们的命名和定名似乎没有遇到什么困难。与表型明确相关的,就用一个名词,如notch、wingless、sex lethal等。还经常给予基因一个缩写和编号,例如参与细胞分裂调节(cell division control)的基因为cdc,因有关的基因很多,就在其后加上数字编号,cdc4、cdc25等;一时还无法了解其生物学意义的基因也可以用一个符号。
然而,蛋白质与基因却有明显的不同,因为提起蛋白质,一定会联想到它们的性质和功能。在功能仍不清楚的情况下,对蛋白质的命名当然也可以用符号。根据分子质量就命名了很多蛋白质,例如p53、p21等。这样的命名也有不全面之处,因为分子质量相同的蛋白质在自然界中是不胜枚举的。在同一个复杂的体系中得到的诸多蛋白质也使用了编号,例如核糖体中的蛋白质,定位小亚基上的冠以S,定位在大亚基上的以L开头,然后是数字编号;构成核孔的许多蛋白质就用NuP加数字表示。这些符号为蛋白质的命名减少了很多麻烦。至于对有明确生物学含义的基因所表达得到的蛋白质,通常是将斜体扶正,也即认为是对蛋白质的定名,例如notch基因的表达产物,即定名为notch蛋白(质)。笔者认为不应简单地以外文定名,而应该以其生物学意义对蛋白质命名或定名,notch基因的表达蛋白质应定名为刻缺蛋白。
蛋白质定名,更多的是蛋白质英文译名的确定,看似简单,但仍遇到很多问题。
首先是,很多学者,尤其是医学工作者,仍然喜欢使用“素”,例如integrin被称为“整合素”。早年在不了解某种活性物质的属性时,使用“素”字无可非议,如今已明确知道integrin是一类蛋白质,若译名能反映其属性,则更确切。即“整合蛋白”(或“整联蛋白”)比“整合素”合适;“泛蛋白”比“泛素”更好。目前一些生物学出版物中,往往还是将两者并用[2]。对此笔者建议定一个原则,如果一个活性物质其属性已确定为蛋白质或肽,则其译名应尽量使用“某某蛋白”或“某某肽”,如defensin,可定名为“防卫肽”而非“防卫素”。
其次,在确定译名时,应尽可能地考虑到外文名的由来,不必根据外文词直译。例如selectin曾被译为“选择素”,其实其词根是lectin,含凝集素的意义,将其译为“选择凝(集)素”或许更合理,简化为“选凝素”则更简洁。同理collectin的直译则是“收集素”,根据外文的构词,其词根也是lectin,前缀col来源于collagen,全面考虑,则其译名以“胶原凝(集)素”为佳。另外,外国人很喜欢显示他们的特有文化。例如,Janus kinase(一种激酶)多被直译为詹纳斯激酶(Jak)[2],其实Jak兼有转录因子的功能,同时英文中Janus是罗马神话中的一位具有两副面孔的门神,既看前面,又看后面,January(一月)便是既看过去的一年又看即将来临的一年之意,因此考虑到Jak既看信号的传送,又看到蛋白质的转录,译为两面激酶也是一个不错的选择。再如,一种促进胚胎头部发育的蛋白质,英文名为cerberus,当然可以音译为“塞贝鲁斯”,但因原文为希腊和罗马神话中守卫冥府入口的三头狗,故建议定名为“促头蛋白”。另有一些名称是根据原国文字的特点用英文命名。例如ryudocan,此词源于日文的ryudousei,意为流动状态,因此根据英文是无法给予确切的译名的。对这样的定名,最好是追溯该词的由来,即查阅原始文献,根据作者的命名依据,进行译名的确定。为此,笔者建议将ryudocan定名为“流态蛋白聚糖”。
这样来定名一个术语是很费力耗时的,但这能使定名更确切,能够望文生义。
理想的译名应兼顾音译和意译两方面。gene译为基因是典型佳作,因它是遗传时的“基(本)因(素)”。motif是一个法文词,有多种含义,但是均离不开“基本构件”的意思,曾译为“基序”(基本的序列),后来在蛋白质的立体结构中也使用此词,显然“基序”不足以涵盖全部含义,笔者建议定名为“模体”,意为“规范的实体”,且与外文谐音。目前使用“模体”的人在增多。SUMO是一个使用日益频繁的缩写,其全名是Small Ubiquitin-related Modifier。如果使用全名“小的泛素相关修饰剂”,似乎太长,失却了使用缩写的意义,为此,笔者建议定名为“修模蛋白”,既是音译,也考虑其在修饰时,被整体地作为模块使用。
在外文中,经常将一个词组中各个词的词头组合在一起,构成新词,并以此命名蛋白质。serpin的全名是serine protease inhibitor,笔者曾提议定名为“抑丝酶”,但遭到从事酶学研究的同人反对,认为这样的定名会误导为这是一种酶,而非抑制剂。他们的顾虑不无道理。但是,笔者认为既然是一个缩写,就应尽可能地以缩写来定名,以全名的译名作为缩写的译名,似乎总有些别扭。缩写PTEN的全名是phosphatase and tensin homology deleted on chromosome ten,其译名为“在10号染色体有缺失的磷酸酶及张力蛋白同源蛋白”,若将4个英文字母的缩写译为一长串中文则使人哑然。建议此缩写译为“10号蛋白”或“十号蛋白”。
对这类词头组合词命名时使用音译是下策,
但有时又是无奈之举,如ADAM为英文词组a disintegrin and a metalloproteinase的词头组合词,全称为“解整联蛋白及金属蛋白酶”。创造ADAM缩写的这位学者肯定是联想到人的祖先,那不妨将其定名为“亚当蛋白”。与serpin类似的还有eppin,其全名为epididymal protease inhibitor(附睾分泌的蛋白酶抑制剂),在全面考虑后,很难给出确切译名时,建议主张音译为“艾匹”;serpin也不妨音译为“丝匹”。
在一种材料中,分离得到多种不同功能的蛋白质是很自然的。然而,往往将一种较先发现的、功能特定的蛋白质命名为此材料中蛋白质的总称。例如在由栝楼根制备得到的天花粉中提取的核糖体失活蛋白质曾被定名为天花粉蛋白,英文为trichosanthin[2]。其实,在天花粉中至少还存在着另一种凝集素,因此,trichosanthin定名为天花粉毒蛋白更确切。
大量的事实表明,一个蛋白质,即使分子量不是很大,也可以呈现几种不同的功能,因此,对这类蛋白质的命名如果仅反映了其形状和功能的一个方面,似乎总有缺陷。可是,这是无法避免的。因为随着研究在不断地深入,开始的命名肯定无法涵盖以后研究的成果。然而,往往几个实验室同时研究一个蛋白质,各自又根据自身的研究结果对此蛋白质进行了不同的命名,例如L-选凝素,
这些名称的统一是很有必要的[3]。这一蛋白质,在得到cDNA时,因其相当于MEl-14抗原而被命名为MEl-14。但是在得到其cDNA以前,各家实验室对其已有不同的称谓:LEC-CAM、Ly-22、Leu8、TQ1、DREG-56和LAM-1等。后经多方协商,最后定名为L-selectin,译名为L-选凝素。
总之,蛋白质的命名是一个非常复杂的问题,上面仅是笔者碰到和所能想到的一些难处。如果能有一个为绝大多数人认可的蛋白质命名原则或规则,那么,任何人在遇到新的蛋白质外文名词时,就能根据这个规则提出建议的译名,而后经多方确认后,就可给予正式的定名。这样,可以使蛋白质的命名“群众化”,每一位从事蛋白质科研、教学的人员都能为蛋白质命名贡献力量。在群策群力的基础上,使得中国的学术刊物更多地使用规范的中文学术名词。
参 考 文 献
[1]王克夷.蛋白质导论.北京:科学出版社,2007:2-4.
[2]金冬雁,黎孟枫.英汉分子生物学与生物工程词汇.北京:科学出版社,2003.
[3]http://cn.expasy.org/uniprot/P14151.
王克夷:中国科学院上海生命科学院生物
化学与细胞生物学研究所,200031