在新文化运动期间，钱玄同的言行是最为激烈的，是他最先举起了批判“桐城谬种”、“选学妖孽”的大旗，他的那些偏激的言论对痛恨黑暗、渴盼新知的年轻人具有极大的吸引力。
　　
　　“五四”新文化运动的倡导中心，《新青年》杂志之外就是北京大学。北大之所以能成为推动新文化运动的大本营，蔡元培出任校长，无疑是关键。正是由于大力推行“兼容并包”的办学宗旨，才使得北大校风为之一变，一时之间群贤毕至，钱玄同正是其中十分突出的一位。
　　出身于书香世家的钱玄同，从小就接受了严格的传统教育。他的父亲曾担任过苏州、绍兴等地的书院山长。他自幼饱读经史诸书，少年时因得见刘逢禄的《左氏春秋考证》，佩服刘氏之说，遂信公羊而疑《左传》。稍后，由于受梁启超主办的《新民丛报》等改良主义刊物的影响，政治上曾一度赞同过保皇派的主张。1903年冬，16岁的钱玄同读了章太炎的《驳康有为论革命书》、邹容的《革命军》以及其他一些传播革命思想的刊物，大为震动，逐渐有了反清的意识，并毅然剪掉辫子，以示“义不帝清”(《三十年来我对于满清的态度底变迁》)。当时他还与友人合办了《湖州白话报》，不再用光绪年号，只书“甲辰”字样。同时，他又在梁启超《论中国学术思想变迁之大势》一文中得知清初音韵学家刘继庄造新字的学说，兴趣甚浓，于是矢志将语言文字学的研究发扬光大。
　　1906年，他的哥哥钱恂出任留日学生监督，钱玄同随同兄长东去日本，进入早稻田大学师范科学习。当时章太炎正在东京任《民报》主笔，钱玄同曾往谒就教。他还与鲁迅、周作人、黄侃、龚宝铨等人一起在《民报》社听章太炎先生讲《说文》，“治声音训诂之学”。那时钱玄同就十分活跃，经常当着先生的面，打开他的“话匣子”，在榻榻米上忽东忽西、口若悬河，因此被赠予“爬来爬去”的雅号。有时，他和太炎先生谈论文字复古的问题，在大家散了之后仍旧不走，谈得晚了便在《民报》社里住宿，接着谈论。这一段从学的经历对他以后的治学有非常重要的影响。
　　此后不久，钱玄同回到国内。辛亥革命后，他一度认为推翻清朝的统治就是光复汉族，一切都应回复到中国古代的情形。他参照《礼记》、《尚书》、《仪礼》等古籍，写了《深衣冠服说》，并且穿戴着深衣玄冠去办公，意在提倡，但无人效法，成为一时笑谈。
　　1913年，钱恂出任袁世凯总统府顾问，钱玄同也来到北京，在国立北京高等师范学校附中任国文教员，兼任北京大学教授。事实上，钱玄同是新知识分子群中较早进入北大的，陈独秀出任北大文科学长一职正是有赖于他和沈尹默的推荐。他与周作人、刘半农更是终生不渝的好友。从表面上看，三人性格颇为不同，但实质上有很多共同之处。正如周作人所说，钱玄同尽管言辞激烈，但“若是和他商量现实问题，却又是最通人情世故，了解事情的中道的人”(周作人《钱玄同的复古与反复古》)。
　　正是由于与新文化群体的密切联系，当陈独秀、胡适等人发起文学革新时，钱玄同不但很快表示赞同，而且积极加入了这一行列。他写了不少文章、随笔和通信等，大力鼓吹白话文，主张文言一致，反对用典，提倡小说、新诗、新戏等。在《中国今后之文字问题》一文中，他甚至提出“欲使中国不亡，欲使中国民族为20世纪文明之民族，必以废孔学，灭道教为根本之解决，而废记载孔门学说及道教妖言之汉文，尤为根本解决之根本解决”这样的惊人之论。他还以《寄陈独秀》和《寄胡适之》两文参与到“文学革命”的讨论中，显示了“敢为天下先”的理论勇气。
　　在新文化运动期间，钱玄同的言行十分激烈，他甚至认为当时的中国没有一件是可以不改革的。他多次激烈地批驳保存国粹和宣扬灵学等言论荒诞悖谬，“五四”时盛行一时的“桐城谬种”、“选学妖孽”的口号也是由他最先提出的。他还是“打倒孔家店”的积极拥护者，虽然他的主张不无粗疏草率之处，而且还有“人过四十，皆该枪毙”的哗众之论贻笑后人；但在当时，他这些偏激的言论确有振聋发聩的作用，对痛恨黑暗、渴盼新知的年轻人尤其具有极大的吸引力，因此受到学生们的热烈欢迎。
　　钱玄同矛头所指的保守派反应却十分冷淡。1917年初，他在《新青年》撰文支持胡适的文学改良建议，并对当时的文坛领袖林纾直接加以攻击，但林纾的回应很是平淡，令他顿感失望。轰轰烈烈的“文学革命”在对方的漠然中显得颇有些尴尬，而新文学的发难者们也在没有对手的辩论中感到了几分寂寞。为了改变这种处境，钱玄同和好友刘半农想到了一个奇特的办法，那就是历史上十分著名的“双簧信”。由于对旧式文人的熟悉，钱玄同化名“王敬轩”所写的那封信在内容和风格上都足以乱真。他不但忠实地模仿了守旧派对新文学的种种误解与歪曲，而且使之显得十分荒谬可笑。而刘半农的复信逐一加以批驳，毫不留情，一针见血，更是痛快淋漓，尤其对林纾进行了指名道姓的批评。新知识分子这种主动出击的态度显示了他们充分的自信，引发了读者浓厚的兴趣，同时也激起旧派文人的恼怒，他们加强了对新文化运动的反击。1919年2月和3月，林纾在上海的《新申报》上发表了两篇短篇小说《荆生》和《妖梦》，讽刺文学革命的领导人，以虚构的名字影射蔡元培、陈独秀、胡适、钱玄同等人，语言十分刻薄。他以“金心异”影射钱玄同，大骂他“伤天害理”，百般丑化。林纾这种非君子的应战方式引发了《新青年》大规模的讨伐，在论辩中新文学的声势也逐步壮大。在这一役中，钱、刘二人功不可没。
　　对钱玄同而言，他对新文化运动还有另一个不容忽视的贡献。因为在民报社共同听讲的渊源，钱玄同与周氏兄弟交情颇深。因此他经常到二人当时在北京的居所绍兴会馆，与他们同桌共食，或抵足畅谈。他通常是午后4时来，吃过晚饭，谈到十一二点钟，再回师大的宿舍去。鲁迅曾这样描写他来访的情景：“将手提的大皮夹放在破桌上，脱下长衫，对面坐下了，因为怕狗，似乎心房还在怦怦的跳动。”(鲁迅《呐喊·自序》)聊天的内容自然十分广泛，包括对时局的看法以及由此引发的思考。周作人说，这正是钱玄同由“复古”往“反复古”方向更坚定地前进的一个转折关口(《钱玄同的复古与反复古》)。钱玄同自己也曾回忆，与周氏兄弟“在绍兴会馆的某院子中槐树底下谈过许多偏激话”(1923年7月9日致周作人书)。当时周作人已是北大的教授，鲁迅还在教育部任职，但由于以往的经历，两人对新文化运动的态度并不积极。尤其是鲁迅，心情十分消沉，整日埋首屋中抄古碑、看佛经、读墓志。钱玄同的不时来访为僻静的补树书屋增添了些许生气。来的次数多了，他不由得对鲁迅这种一成不变的生活产生了怀疑。在他看来，鲁迅此时摆弄这些古董是毫无意义的。留学日本期间，鲁迅展露的文学才华是他所深知的，于是，作为《新青年》的编委之一，他开始建议鲁迅写写文章，向《新青年》投稿，加入到新文学的阵营中来。虽然鲁迅并没有立即赞同他的意见，但他的话不久还是产生了作用。到1918年，鲁迅终于受钱玄同和陈独秀的怂恿，开始向《新青年》投稿。先是小说，再是诗，接着是杂文和长论，从此一发不可收拾。虽然爬出“待死”的深坑是鲁迅思想发展的必然结果，但钱玄同的极力劝说，无疑为他垂下了一根救援的绳梯。而三人在槐树下的长谈，也为此后他们在新文化运动中各自的辉煌作好了准备。对这一幕，鲁迅在《呐喊·自序》中有过生动的描述，二人关于“铁屋子”的对话也成为了新文学史上一段不朽的经典。
　　文学革命为“五四”积聚了深厚的基础，钱玄同等人也正是由于在新文化运动中的积极表现而为青年学生所崇敬和瞩目。因此，当五四运动爆发之后，他们也就理所当然地成为了学生运动最热情的支持者。但五四运动的发展很快偏离了他们预期的方向。这种运动从形式到内容都是他们所陌生的，无休止的游行与斗争也使他们厌倦。于是，和周作人一样，钱玄同很快也感到了“小河”的忧虑。“五四”后不久，他写信给周作人，以他特有的直率，表示了自己“近一年来时怀”的“杞忧”，他害怕“这条‘小河’一旦‘洪水横流，泛滥于两岸’，则我等‘栗树’、‘小草们’实在不免胆战心惊”。他还在信中直截了当地提出了“各人自扫门前雪”主义，对五四时期自己激进的态度也表示了反省(1922年4月8日致周作人函)。这实际上是在一定程度上否定了五四思想启蒙运动中某些至关重要的东西。
　　此后钱玄同也如周作人一样，对过去的辉煌不愿再多置一词，而将主要的精力转移到学术研究之中了。
　　事实上，“出世”和“人世”是以钱玄同、周作人为代表的自由主义知识分子不能回避的共同矛盾。他们在“五四”后尽管抛弃了当时的一些信仰与追求，却不能完全忘怀历史与现实。到1934年，在和周作人的《五十自寿诗》时，尽管钱玄同依旧保留了一些五四时期的锋芒，但在回首“腐心桐选诛厉鬼，切齿纲伦打毒蛇；读史敢言无舜禹，谈音尚欲析遮麻”的所向披靡之后，再反顾“老去无端玩古董，闲来随分种胡麻”的近况时，心中剩下的，恐怕就只有自嘲与无奈了。