苋菜试管苗amaNACA 2-like基因克隆及生物信息学分析

来源 :东北农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fisher9527
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以苋菜试管苗为材料,采用RT-PCR结合RACE技术进行amaNACA-2 like基因全长cDNA序列克隆,对其进行生物信息学分析。结果表明,苋菜amaNACA-2 like基因cDNA全长为896 bp,其中5’UTR 66 bp,3’UTR216 bp,poly A尾长17 bp,并包含一个615 bp开放阅读框,编码205个氨基酸。GenBank登录号为KC588966。生物信息学分析表明,该蛋白是一种亲水性细胞质蛋白,包括10个磷酸化位点和8个功能位点;该蛋白属于NAC蛋白超级家族(NAC superfamily),包含NAC功能位点,同时包括一段UBA超家族结构域;其二级结构由α螺旋、无规则卷曲结构、延伸链和β转折组成;系统进化树分析表明苋菜amaNACA 2-like蛋白独立形成一个分支,但与其他物种间亲缘关系较近,说明NACA 2-like蛋白在生物进化过程中比较保守。研究amaNACA-2 like基因克隆和生物信息学分析,可为深入研究其功能奠定基础。
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