阿赖耶识是唯识学的重要议题,《瑜伽师地论》对阿赖耶识思想的阐发,具有细致入微和系统、全面的特点,代表了唯识义理的最高水平。阿赖耶识在染污种子的含义上,具有流转的无常性;由染污种子的取受变易性,产生了阿赖耶识起用的种种功能;若以佛教道谛对治此一取受性,终使阿赖耶识成为断灭之法。但阿赖耶识实有两种不同的意义,学界往往只看到无常变易一种。阿赖耶识亦是染净种子的所依,具有容器承物的特征;但是,经论却在排斥此一执持。染净种子之所依,虽应是"有"义,却予"不说",乃至此是"佛世尊最深密记"。如来并无秘密之藏,但却有因受教对象不同而有显说和隐说之别。恒常存在的"依因"或"建立因",正是阿赖耶识恒常性的寓意所在。此一意义上的恒常,正是指如来藏。由阿赖耶识语境的二元走向,既导出了问题的复杂性,也可见显以往相关研究的粗疏单一;最为重要的,是能由此引致圆融体系必要的反思。