目的:前瞻性研究先天性肛门直肠畸形(anorectal malformation,ARM)患儿术后肠道菌群变化的情况。方法:实时荧光定量PCR法检测分析21名先天性ARM组患儿10日龄(出院前1 d)、1月龄和3月龄~4月龄时粪便中3种主要菌群数量,并与日龄匹配的21名对照组正常婴儿菌群数量进行比较。结果:(1)10日龄,先天性ARM组双歧杆菌与大肠杆菌数量的比值(bifidobacteria/escherichia coli,B/E)<1,大肠杆菌数量较双歧杆菌高和乳酸杆菌高(P=0.021和P=0.004),且乳酸杆菌数量较对照组高(P=0.001)。(2)1月龄,先天性ARM组B/E较10日龄增高(P=0.030),B/E>1,双歧杆菌数量增高(P=0.001),高于自身大肠杆菌、乳酸杆菌数量和对照组双歧杆菌数量(P=0.001、P<0.001和P=0.004),乳酸杆菌数量亦较对照组高(P<0.001)。(3)3月龄~4月龄,先天性ARM组乳酸杆菌数量较1月龄时降低(P=0.005),与对照组无统计学差异(P=0.571),双歧杆菌数量较对照组高(P=0.004)。(4)3月龄~4月龄,连续服用益生菌患儿肠道双歧杆菌数量显著高于对照组婴儿(P=0.013),未连续补充者肠道双歧杆菌数量和对照组婴儿相比无统计学差异(P=0.032)。结论:(1)10日龄,先天性ARM患儿以大肠杆菌数量占优势,乳酸杆菌数量亦高,较正常对照组婴儿肠道大肠杆菌和双歧杆菌数量均占优势的定植状况不同。(2)1月龄和正常对照组婴儿一样,双歧杆菌成为患儿肠道优势菌,而乳酸杆菌数量仍居高。(3)3月龄~4月龄,患儿肠道乳酸杆菌数量下降至正常对照组水平,菌群状态接近正常婴儿。(4)患儿1月龄后连续补充益生菌制剂至3月龄~4月龄能够使肠道保持高水平的双歧杆菌数量。