[背景]猪非典型瘟病毒作为一种新发病毒,近几年在国内各省份中陆续被检出,目前针对猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus,APPV)的研究报道大多集中于基因组学和流行病学,而其感染宿主后的致病机制尚不清楚.[目的]利用高通量测序技术,对感染仔猪小脑组织进行转录水平差异研究,初步探索APPV致病机制.[方法]将实验组3份排除其余能引发仔猪先天性震颤和神经症状相关病原干扰的APPV感染仔猪的小脑组织,与对照组3份健康仔猪的小脑组织进行高通量测序,比较实验组和对照组之间转录水平的差异.[结果]构建了两个cDNA文库:APPV感染小脑组织文库、健康小脑组织文库.在P≤0.05,|Log2(FC)|≥0.263的筛选标准下,共筛选出差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)381个,其中上调基因163个,下调基因218个;随机选取8个差异表达的基因,经RT-qPCR检测,以p-actin作为内参基因,结果显示8个差异基因的表达趋势与高通量测序一致.[结论]通过对临床感染APPV的仔猪小脑样本进行转录组研究,通过GO、KEGG对差异基因进行功能注释、分类,发现Pak4、Robo4、Sema3f、Wnt5a等参与轴突导向信号通路的基因转录水平显著下降,可能表明APPV感染可能会导致仔猪体内轴突导向过程受到抑制,进而使其中枢神经系统发育受到抑制,为APPV的致病机制等进一步研究提供了方向和指导.