1929年春末，中央研究院史语所由广州迁往北平北海静心斋办公。作为史语所历史组主任的陈寅恪仍在清华授课。按傅斯年让其“改住北平”的要求，陈氏除保留清华园新西院三十六号的寓所，另在北平城内西四牌楼姚家胡同三号租赁了一处宽敞舒适的四合院，并把其父陈三立，连同本家大嫂从南京接来居住。
　　有了城里城外的两处住房，且两处住宅房间墙上都安装了当时极其稀有的电话，陈寅恪开始比较从容地奔波于两地之间。除在京城北郊清华园授课外，大部分时间都在城里北海静心斋带领史语所历史组人员如劳干、徐中舒、李光涛等人整理内阁档案。
　　这年9月，傅斯年与陈寅恪筹划成立了“历史语言研究所明清史料编刊会”，除傅、陈二人外，另聘史学大家朱希祖、陈垣以及年轻的学术中坚徐中舒为编刊委员，拟列了一个庞大的出版计划，历史组人员一边进行整理、分类、编目，一边刊布印行，将珍贵史料公诸于世，取名为《明清史料》。
　　这是陈寅恪一生在生活上最舒心，精神上最得意，学术上最有创见的极盛时期。
　　可惜好景不长，1931年“九一八”事变之后，中国的政治、文化中心逐渐南移。1933年4月，遵照中央研究院总办事处的指令，史语所拔寨起程，由北平迁往上海曹家渡小万柳堂办公，除一少部分人员与内阁档案留守北平外，其他人员全部南迁。陈寅恪不忍舍弃清华园的生活环境与学术氛围，没有随所迁移，仍留校任教，同时改任史语所“专任研究员暂支兼任薪”的研究员和主任之职。（按：意为史语所只给一点薪金补贴，全部薪水由清华支付）。
　　1937年卢沟桥事变后，陈寅恪携家眷随清华师生迁长沙，继而由长沙转香港赴云南，不料初到香港，夫人唐因旅途劳累过度，心脏病突发，三女美延又身染百日咳，高烧发热，昼夜尖叫咳嗽不止，全家不能再行，只好在陈寅恪的好友、香港中文大学许地山的帮助下租赁了一间房屋暂住下来。
　　春节过后，陈寅恪必须赶往西南联大授课，唐心脏病未愈，体力不支，不能随行，陈氏只好告别家人，独自一人先行上路，自香港取道安南海防市抵达云南蒙自西南联大文学院。1938年夏，联大文学院与法商学院等师生奉命迁至昆明联大校本部，陈寅恪随之来到了昆明，住进中央研究院史语所租赁的靛花巷青园学舍楼上，这是他自北平与史语所同仁分别四年多来再次相聚。陈寅恪除担任西南联大教授，还兼任傅斯年为所长的北京大学文科研究所导师。
　　1939年春，陈寅恪被英国皇家学会授予研究员职称，并收到牛津大学汉学教授聘书，请其赴牛津主讲汉学。为陈氏此行，对方己安排该校汉学家休斯副教授充任其助手。---这是牛津大学创办三百余年来首次聘请一位中国学者为专职教授。
　　面对如此极具荣誉的礼聘，陈寅恪曾两度辞谢，后考虑一直住在港岛的夫人唐患严重心脏病，不能携家抵昆团聚。时陈寅恪患眼疾甚重，借赴英机会可一并医治，遂答应就聘。在得到西南联大主持校务的梅贻琦同意后，陈寅恪乘车由安南转往香港作赴英的准备。整个欧洲的汉学家风闻陈寅恪即将赴英，皆云集奥格司佛城，静坐以待。
　　意想不到的是，陈寅恪抵港未久，欧洲战火突起，地中海不能通航，何时能够起程，杳无可知。陈氏茫然四顾，不知如何是好，他在写给傅斯年的信中说：“天意、人事、家愁、国难俱如此，真令人忧闷不任，不知兄何以教我？” 此时的傅斯年亦无法可想，无奈中的陈寅恪只好由香港重返昆明西南联大，等待可行的机会。
　　1940年暑假，听说欧洲方面战况稍有好转，陈寅恪再返香港等候赴英之机。想不到这次又出了差错，刚到香港不久，忽得中国驻英大使郭复初发来电报，谓因时局关系，赴英之事需延期一年。心灰意冷的陈寅恪欲再次孤身一人返回西南联大。
　　恰在此时，日军为切断广西与越南之间的国际交通线，出兵攻占南宁，陷落昆仑关，滇越交通中断，致使陈寅恪无法回昆，而夫人唐除心脏病外又患子宫病。陈氏走投无路，一面写信请傅斯年“如本所及联大有迁地之消息，乞速示知”，一面作携家眷迁川之打算，并通过许地山在香港大学暂时谋得一客座教授职位，以换取微薄的薪金维持生计。