太岁DNA提取方法差异及对测知细菌结构的影响

来源 :扬州大学学报(农业与生命科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:woodcock999
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以太岁取样的加水热溶解为特点设计4种提取方法,将提取效果好的2个DNA样品用Illumina MiSeq高通量测序平台测序.结果 表明:滤膜法(SI3)和研磨法均可获得显示电泳条带的DNA,但前者能将太岁材料彻底破碎和滤除多糖;滤膜法样品测得优质序列46676条,聚类OTU 1095个,比研磨法多154个,只包含1个序列相对丰度大于1%的共有OTU,特有1个序列相对丰度41.14%的OTU,是研磨法的237倍,但滤膜法样品香农指数反比研磨法低1.37%,并导致两者菌群结构在各分类水平上有着明显差别.太岁DNA提取方法深刻影响细菌结构测定结果,滤膜法DNA菌群信息更真实,据其测知的优势结构为假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter).
其他文献
为了解江苏部分地区牛源大肠埃希菌对常用抗生素的耐药状况及超广谱β-内酰胺酶基因blaCTX-M的流行情况,2019年对江苏部分地区奶牛场和肉牛场分别采集159份肛拭样品、121份肛拭与粪便样品.采用麦康凯琼脂、PCR等方法对大肠埃希菌进行分离和鉴定,采用琼脂扩散法测定大肠埃希菌对15种抗菌药物的最小抑菌浓度,利用耐药基因测序检测blaCTX-M.结果 表明:280份样品中共分离到231株大肠埃希菌,分离率为82.5%,其中肉牛源94株,奶牛源137株.231株大肠埃希菌对四环素耐药率最高,为45.0%%;