【摘 要】
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目的评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒(HIV)优势准种分析的代表性和准确性。方法共收集29个HIV感染病例的32份全血样本,其中3个病例在随访期间发生耐药,分别采集治疗
【机 构】
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传染病预防控制国家重点实验室,新发突发传染病研究北京市重点实验室
【基金项目】
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“十三五”国家科技重大专项项目(No.2018ZX10101002),国家自然科学基金(No.81871694)
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目的评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒(HIV)优势准种分析的代表性和准确性。方法共收集29个HIV感染病例的32份全血样本,其中3个病例在随访期间发生耐药,分别采集治疗前和耐药后的两份样本。提取样本DNA,分别用二代测序和一代测序方法测定HIV pol区扩增产物序列。利用软件Sequencher(4.10.1)和Bowtie 2(v2.2.5)处理一代和二代测序数据,并利用自建分析脚本确定二代测序共有序列,利用Mega软件进行聚类分析,比较二代测序共有序列与一代测序序列的差异。结果聚类分析结果表明,
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