【摘 要】
:
SSR作为一种微卫星分子标记方法,被广泛用于遗传多样性相关的研究,而SSR引物是否高效是影响整个实验结果的重要因素。本研究利用生物信息学手段,对马铃薯甲虫基因组数据进行
【机 构】
:
石河子大学农学院,新疆农业科学院植物保护研究所/农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室,新疆农业科学院微生物应用研究所
【基金项目】
:
国家自然科学基金地区科学基金项目(31360442);国家自然科学基金面上项目(31272047)
论文部分内容阅读
SSR作为一种微卫星分子标记方法,被广泛用于遗传多样性相关的研究,而SSR引物是否高效是影响整个实验结果的重要因素。本研究利用生物信息学手段,对马铃薯甲虫基因组数据进行分析,搜索基因组SSR位点,并设计引物和验证SSR引物的效率。最终在马铃薯甲虫基因组中共检测出SSR位点81 937个,且这些位点中以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复为主;从SSR位点的平均分布距离来看,单、三、四核苷酸重复在马铃薯甲虫基因组中平均分布距离较小,分别为2.21 kb、8.39 kb、36.21 kb。马铃薯甲虫基因组SSR位点中,优势基序总数为68 388个,比例高达83.46%,其中,单核苷酸以A/T重复基序占绝对优势,二核苷酸重复的SSR位点中,以AG/CT重复基序为主,三核苷酸重复的位点中,以AAT/ATT重复基序为主;在ClassⅠ长度的SSR位点中,以二核苷酸、三核苷酸重复的数量最多,比例高达82.32%;最后设计19对SSR引物测试效率,其中14对成功扩增条带,11对为多态性引物,其平均多态性条带6.27条。多态性引物的PIC值在0.375-0.794,平均值为0.600,大于平均值的引物为6对,占有效扩增引物的54.5%。研究表明,利用生物信息发掘SSR位点的方法简便高效,这为后续进一步利用SSR引物研究马铃薯甲虫的遗传多样性,及在其它昆虫中开发SSR引物开发奠定研究基础。
其他文献
编者按: 信息产业部政策法规司、外事司2003年工作要点(摘要),突出地反映了信息产业所面临的新形势、新任务。这是作为信息产业行管部门重要的工作布署。做好这些工作,对中国
微机原理是工科类专业必修的专业基础课程,本文分析了该课程的性质、教学目的与特点、同时分析了独立学院学生的特点,在此基础上有针对性的提出了案例式教学、理论联系实际、引
计算机是当前高校学生的必修课程之一,利用互联网网络技术实施大学计算机教学,可以提升教学效果。本文首先阐述了当前高校计算机教学过程中存在的问题,然后从分层教学、任务
编者按: 吴邦国副总理对国家邮政局始终坚持把发展作为邮政的第一要务,以结构调整为主线,以改革创新为动力,努力提高全员素质,切实加强作风建设,提高服务质量,取得良好的经济
目的探讨缺血性脑卒中急性发作患者实施护理干预的效果。方法选取2013年9月至2015年9月在我院接受治疗的缺血性脑卒中急性发作患者120例,随机分为对照组和试验组各60例,对照组
<正> 中国邮政取得“三年扭亏”的伟大胜利,为逐步形成自我发展能力,步入良性循环打下坚实基础,这仅是实现了中国邮政发展战略的初期目标。在我们迈向实现良性循环的第二步战
本文针对瑞典ABB公司所产HPL55082型500kV SF6断路器,分析了引起断路器分、合闸同期性超标的主要原因,结合现场试验,找到解决导致试验数据超标问题的关键点,为今后同类型断路器调
在当前信息时代不断进步与发展的过程中,信息技术呈现出迅猛发展的趋势,因此可以说网路在我们的学习与生活中变得更加密切,高中生是新时期发展过程中培养的重点人才,无论是在
随着民航运输业的快速发展,对无线电频率使用也提出更高的要求。然而现行民航无线电方面,仍有较多干扰问题,极大程度上影响频率有序、安全使用目标的实现,要求做好干扰问题定