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2020年初新冠肺炎疫情暴发,中国政府实施了全面而有效的防控措施,财政政策主导的预算支出为打赢疫情防控阻击战提供了财力保证,中国抗击新冠肺炎疫情取得了举世瞩目的成就,但同时也暴露出一些存在的问题。文章从预算中公共卫生领域投入、预算公开程度、预备费计提比例、公共卫生支出结构四个方面,分析了新冠肺炎疫情应对中所暴露的政府预算管理短板,并提出改善公共卫生财政投入、明确政府定位与责任、完善人民代表大会的预算监督职能、深入推进预算公开、健全应急预算管理机制、合理调整公共卫生支出结构的对策建议。