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采用DEA分析模型，从投入产出角度通过分析比较珠江三角洲国家高新技术产业开发区的经营效率，寻找各开发区运行效率产生差距的原因，对高新区运营的技术效率和规模效率进行分解，全面探索影响高新区运行效率的技术因素和规模因素，研究发现珠三角各高新区运行效率存在较大差异，发展水平仍然存在不平衡现象，造成高新区DEA效率不高的原因主要是技术无效和规模无效两方面，针对不同类型原因可以采取相应的对策提升运行效率。