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[目的]研究东乡野生稻渐渗系基因组结构变化及对其进行多样性分析。[方法]以东乡野生稻（O.rufipogon Griff.,供体）和栽培稻协青早B（O.sativa sp.indica Kato.,受体）构建的BC1F6渐渗群体为研究材料,利用筛选出的分布在12对染色体上的25对SSR引物对群体中的239个株系进行多态性分析。[结果]25个微卫星位点都有东乡野生稻DNA片段不同程度的渗入,群体均大部分保留亲本协青早B或东乡野生稻的DNA序列。渐渗系基因组中平均受体纯合条带百分率为78.13%,最高达94.