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问：A公司有一厂房,原土地性质属于工业用地,经补缴土地出让金后转为商业用地.A公司与B房地产公司达成一项协议：由B房地产公司进行开发,建成后分给A公司一、二楼商业铺面,对A公司分配的房屋双方互不找差价.而根据有关规定,以B房地产公司名义开发就必须把土地使用权更名到B房地产公司名下.请问,对双方自行达成的产权调换协议,在土地使用权产权发生转移时,是否应当缴纳契税呢？