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利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱（MALDI—TOF／TOF）高置信度地鉴定了原核表达的白鳍鲨硒结合蛋白。实验表明，硒结合蛋白肽段之一被错误指认为胰酶自水解峰和混合谱是影响其未进行串联质谱分析或不能被数据库搜索匹配的主要原因，同时还发现，虽然赖氨酸结尾肽段在MALDI源中信号强度普遍很低，但对它们进行串联质谱分析也可获得较好的谱图质量，部分数据可用于从头测序。考虑以上因素后，硒结合蛋白鉴定覆盖率由35％增至51％。