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【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测，通过Mega软件进行最大相似性聚类分析，structure2．1软件进行群体遗传结构分析，SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测，考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点，多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体，