DNA分子标记广泛用于生物研究的许多方面。本文简要介绍了RFLP、RAPD、AFLP、SSR及ISSR等几种目前常用分子标记的原理,归纳总结了分子标记在银杏中的应用研究进展。(1)获得了2个雄性特有的RAPD标记和2个雌性特有的AFLP标记,为银杏的早期性别鉴定及相关基因克隆奠定了基础;(2)采用RAPD标记和ISSR标记对我国部分栽培品种进行了分子鉴别和分类的研究,编制了一些品种的DNA指纹检索表;(3)利用RAPD和ISSR标记对一些群体、个体及栽培品种或变异类型进行了遗传分化和遗传多样性研究,结果发现银杏具有较高的遗传多样性,群体间、个体间、栽培品种及类型间都存在不同程度的遗传分化;(4)利用ISSR标记对一些个体的遗传杂合性进行了研究,结果显示个体的平均杂合率为43.53%;(5)构建了包含62个RAPD标记、19个连锁群的银杏分子遗传图谱;(6)探索了银杏优先保护种群的确定。分子标记在银杏其它方面的应用还很少。今后,除了继续对上述方面进行深入系统的研究外,还应充分运用DNA分子标记技术,开展银杏的分子标记辅助选择育种、种质评价与鉴别及保育生物学等方面的研究。