苋菜amaAG基因克隆与生物信息学分析

来源 :江西农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yfan828
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以苋菜种子为初始材料,通过离体培养获得苋菜各阶段试管苗,利用实验室构建的苋菜开花过程转录组数据库(NCBI SRA number:SRR924089,SSR924090,SRR924091,SRR924092),采用RT-PCR结合RACE技术进行ama AG基因全长c DNA序列克隆,然后对其进行生物信息学分析。结果表明,苋菜ama AG基因全长为1 123 bp,其中5’UTR 122 bp,3’UTR 243 bp,poly A尾长17 bp,并包含一个741 bp的开放阅读框,编码246个氨基酸。通过生物信息学分析可知,该蛋白属于亲水蛋白,但不是稳定蛋白;属于MADS和K-box超级家族,包含MADS_MEF2-like和K-box功能位点,与植物开花相关。ama AG基因差异表达分析表明,该基因是在开花期表达量最高。说明本研究已获得了苋菜ama AG基因,这为将来深入研究其功能奠定了基础,也为研究苋菜开花分子机制提供参考。
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