本研究通过比较胃癌与萎缩性胃炎的RUNX3及CHFR基因表达情况探讨其中的相关性。选取2014年1月至2016年7月前来浙江舟山群岛新区旅游与健康职业学院进行胃镜检查的137例慢性萎缩性胃炎患者作为研究对象,分为胃炎轻度组、胃炎中度组与胃炎重度组,并选取同期胃癌患者42例作为胃癌组。取胃炎患者的胃体与胃窦处的黏膜,胃癌患者的癌灶组织、癌旁组织与远端正常处组织进行DNA的提取,并进行比较。经比较后,胃炎重度组患者的RUNX3与CHFR基因甲基化阳性率分别为29.63%、37.04%,与胃癌组患者的正常组织处比较,有显著的统计学差异,与胃癌组癌灶组织处比较无差异;而胃炎重度组患者的蛋白表达有缺失情况发生,经Elisa检测后,蛋白表达量与胃癌组癌灶组织处比较无差异。严重萎缩性胃炎患者的RUNX3与CHFR基因甲基化可抑制抑癌基因的表达,而异常升高的阳性率会影响患者的病程进展,可认为RUNX3与CHFR基因甲基化对癌前病变进程具有临床诊断意义。