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利用1998—2007年日本（分为10个地区）水稻生产投入产出面板数据（Panel data）,采用非参数的全要素生产率HMB指数方法对日本水稻生产效率进行分析,得到各个指数的变动趋势和分布特征。结果表明：日本水稻全要素生产率在1998—2007年间呈现较大波动且总体呈下降趋势,全要素生产率的波动主要受纯技术效率、要素混合效率的影响,且纯技术效率的影响更大,各地区间水稻生产效率差异不大。