以中华鳖(Pelodiscus sinensis)日本品系、清溪乌鳖两个国家水产新品种为研究对象,并以中华鳖黄河群体和台湾群体为对照,克隆测序获得了其16S rRNA基因全长序列1 606 bp,并对群体遗传多样性进行比较分析。结果表明,在4群体共80个个体中,共检测到53个变异位点,包括9个群体特异性位点,其中清溪乌鳖3个,中华鳖日本品系和黄河种群各1个,台湾群体4个;共发现16种单倍型,其中清溪乌鳖8个、中华鳖日本品系2个、中华鳖黄河群体和台湾群体各3个,群体间无共享单倍型。中华鳖不同群体的16S rRNA基因多样性从高到低依次为清溪乌鳖(0.821)、中华鳖台湾群体(0.484)、中华鳖黄河群体(0.195)、中华鳖日本品系(0.100)。中华鳖日本品系和黄河群体、清溪乌鳖和台湾群体的遗传距离相对较近,分别为0.001和0.005。不同群体的单倍型各自聚为一支,表明中华鳖群体分化较为明显,不同群体的特异性位点可作为种质鉴别的依据。单倍型进化树显示,中华鳖日本品系和黄河群体以很高的置信度聚为一支,推测中华鳖日本品系起源于中国黄河流域。