株高是水稻重要的农艺性状,往往与产量相关性状密切关联,在水稻育种中有重要利用价值。本研究以日本晴为受体、缙恢35为供体亲本,经表型和分子标记双重选择,鉴定了一个水稻高秆染色体片段代换系Z1377。Z1377共含有18个代换片段,平均代换长度为2.95Mb。与日本晴相比,Z1377的株高、倒一节间至倒四节间长、穗长、一次枝梗数、二次枝梗数、粒长、每穗实粒数、总粒数显著增加;粒宽显著变细,有效穗数、结实率显著减少,但仍达86.75%。用日本晴与Z1377杂交构建的次级F2群体共检测到16个相关QTL,分布于第2、第3、第4、第5、第6、第7和第9染色体。其中有8个可能与已克隆基因等位,如GW2、EUI1、ZFP185等,另8个如q PH3等尚未见报道。Z1377的株高由一个主效QTL (q PH3)和一个微效QTL (q PH5)控制,其中q PH3的贡献率达28.59%。而且,在F2群体中,高秆和矮秆基本呈现双峰分布,经卡平方测验,符合3∶1分离比,表明高秆对矮秆显性,并主要由q PH3负责。这将为该主效基因的精细定位和克隆奠定基础,同时为进一步选育含2~3个代换片段的中高优良染色体片段代换系并应用于育种奠定基础。