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疾控机构执行《事业单位会计制度》，其专项资金由财政拨款和非财政拨款组成。各种公共卫生专项是国家及地方财政为提高公共卫生服务水平，促进卫生事业发展而设立的；因此管理好专项具有十分重要的意义。文章深入分析了专项资金管理及核算中存在的各类问题，结合新的《事业单位会计制度》，提出了专项核算与管理中相应的处理方法和解决建议。