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选取保税区投资额、企业数量、税收总额、保税区物流企业营业收入等因素作为投入产出指标，运用超效率DEA模型对我国现阶段主要的综合保税区进行效率评价，结果表明上海保税区确实大幅领先，青岛保税区、福州保税区等5大综合保税区有效运作，结合保税区地理位置、城市综合发展水平等因素，建议青岛保税区和深圳保税区作为中国自由贸易区扩展阶段的优选对象，可为我国进一步拓展自由贸易区政策提供参考。