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将分子模拟方法引入到蛋白质离子交换层析中的静电相互作用研究。选用蛋清溶菌酶和牛胰凝乳蛋白酶为模型蛋白质，阳离子交换吸附剂SP Sepharose FF等为模型层析介质。从蛋白质数据库（PDB）中获得蛋白质三维结构数据，分析了介质孔径和配基分布，以点电荷模拟离子交换层析介质的功能配基，构筑了蛋白质．介质配基模拟表面体系。采用MCCE、Delphi和GRASP等程序包进行了分子模拟计算，考察了作用方向、作用距离、盐浓度、DH等对蛋白质和模拟配基平面间静电相互作用的影响。结果表明，宏观的层析平衡常数与微观分子模