大肠埃希氏菌ERIC-PCR指纹图谱构建及贝类污染微生物源示踪

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目的:采用rep-PCR的ERIC引物(ERIC-PCR)构建象山港周边粪污染指示因子大肠埃希氏菌(E.coli)的DNA指纹图谱库,并根据所建DNA指纹图谱库对贝类产品污染进行微生物源示踪(Microbial Source Tracking,MST)。方法:在选定的贝类养殖区域周边的畜禽养殖场采集鸡、鸭、鹅和猪来源的粪样,从已知来源的粪样中分离鉴定大肠埃希氏菌并构建ERIC-PCR指纹图谱库;用InfoQuestFPTM(Bio-rad)软件对指纹图进行聚类分析与判别分析,并对分离于象山港滩涂贝类及养殖水域的未知来源大肠埃希氏菌进行多维尺度(MDS)的分析,判别其可能来源。结果:216株不同粪样来源的大肠埃希氏菌经聚类分析后得到37种聚类;经Jackknife分析,正确判别率分别为猪源91.7%,鸡源76.9%,鸭源100%和鹅源94.4%;此外,分离自贝样和水样的未知来源得到有效区分,区分率达80.0%(12/15),正确判别率为78.8%。结论:建立的ERIC-PCR微生物源示踪方法能区分贝类和水体中指示菌的不同来源,该方法的建立为查找贝类粪便污染可能的来源以及确保贝类产品安全提供了新技术。
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