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凋亡早期近科固定不变的标志之一就是线粒体膜通透性（MMP）的变化，这提示线粒体在凋亡过程中执行双重作用。一方面，将多种促细胞凋亡级联转导信号合于一条由MMP激活的通路；另一方面，通过释放存在于膜间隙的可溶性蛋白参与凋亡后期的分解代谢反应，最近研究发现，核转录因子能易位到线粒体膜引起MMP改变；线粒体膜间隙存在一种蛋白质Smac/DIABLO，释放后可特异性阻抑细胞凋亡蛋白抑制剂（IAPs），进而促进胱冬肽酶活化，引发细胞凋亡，这些发现进一步阐明了MMP与细胞死亡机制的关系。