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基于映射原理和遗传算法提出了一种判别图同构特征的复合算法，该算法通过研究两个图的映射关系并进行编码，结合遗传算法构建同构判别问题的模型。针对同构识别中码元不能重复的特征，提出了交叉算子和变异算子的重新设计对策；引入模拟退火算法确定了从当前解到新解转移的概率，从而避免陷入局部最优；基于数学实验提出了一些模型参数的选择原则以提高算法效率。算例表明，该复合算法可有效地应用于机构图的同构判别，为机构创新设计智能CAD研究提供了一种有效的同构识别方法。