论文部分内容阅读
目的
筛选出前列腺癌预后相关甲基化基因，以期寻找出前列腺癌预后潜在生物标志物。
方法通过GEO数据库，检索到2个前列腺癌相关基因表达数据集（GSE46602、GSE55945）和2个前列腺癌甲基化数据集（GSE112047、GSE76938），并对两类数据集进行甲基化差异基因筛选。使用DAVID数据库对差异基因进行功能注释和通路富集分析。使用STRING数据库和Cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析，并筛选出关键基因。利用TCGA数据库验证关键基因的表达数据和甲基化数据的相关性，同时利用其临床数据验证关键基因表达对预后的影响，最后再对关键基因的预后价值进行评估。
结果共筛选出57个甲基化差异表达基因，其中48个高甲基化低表达基因，9个低甲基化高表达基因。差异基因在代谢途径和肿瘤途径两条通路显著富集。通过蛋白互作网络筛选出6个关键基因，通过TCGA数据库初步验证和进一步预后价值评估发现PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因与前列腺癌预后显著相关。
结论PTGDS、AOX1和IGF1甲基化基因有望成为前列腺癌预后的潜在生物标志物。