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考察了基质辅助激光解析飞行时间质谱获得肽质量指纹谱（PMF）时主要分析条件及准确度对蛋白质数据库搜索结果的影响。将牛血清白蛋白（BSA）经聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS—PAGE）分离、酶解；肽段经质谱分析得PMF数据；用MS-Fit引擎在相同数据库及参数下搜索。得出：（1）激光脉冲击打次数在300次以前时，蛋白序列和肽段覆盖率逐步增加；当击打400次时，覆盖率呈下降趋势；（2）随着激光强度增加，目标蛋白得分、氨基酸序列和肽段的覆盖率逐步增加，但当强度增到1413时，则呈现降低趋势；（3）随延迟时间的增加，肽