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宏基因组（Metagenome）是特定环境或共生体内所有生物遗传物质的总和，是一种不依赖于人工培养的微生物基因组分析技术。宏基因组方法很大程度上依赖于提取DNA的纯度，大片段DNA的成功克隆也是宏基因组方法的关键。宏基因组的出现，使海洋天然活性物质在生物医药及疾病防治上显示出巨大的应用潜力。宏基因组技术让未培养微生物进入了生物学家和化学家的视野，能够解决生物技术短缺的问题，增强了新活性化合物的发现机率，她将迅速推动海洋药物学的研究。