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针对扩频序列周期不为信息码宽整数倍的多用户周期长码直扩信号，提出一种基于平行因子的长码直扩信号扩频序列估计方法。将周期长码直扩信号建模为缺失的短码直扩信号模型，利用插补法和交替三线性分解（ ATLD）迭代算法估计扩频序列，在此基础上利用直接三线性分解（ DTLD）算法设置初始矩阵，大大提高了多用户周期长码直扩信号的扩频序列估计性能和速度。