基于频率的Read Mapping种子选择算法

来源 :东北大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：lzs

【摘要】

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选择具有最低频率的最优种子是一个复杂的计算问题,往往需要很长时间.提出了一种read的基于频率的合并种子选择算法(FMSS),该算法能够高效地选择接近最优的种子集合,可用于改

【作者】

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马海涛祁实于长永赵宇海

【机构】

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东北大学计算机科学与工程学院

【出处】

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东北大学学报:自然科学版

【发表日期】

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2019年5期

【关键词】

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种子频率读取映射平均种子频率合并最优种子 seed frequency read-mapping average seed frequency merg

【基金项目】

：

国家自然科学基金资助项目(61772124,61332014,61401080,61402087),河北省自然科学基金资助项目(F2015501049),河北省教育厅项目(QN2014339),中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(N150402002).

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选择具有最低频率的最优种子是一个复杂的计算问题,往往需要很长时间.提出了一种read的基于频率的合并种子选择算法(FMSS),该算法能够高效地选择接近最优的种子集合,可用于改善现有映射工具的性能.实验对比了平均种子选择方法和当前最优的种子选择策略(OSS,optimal seed solver),结果显示FMSS算法能够用很少的时间代价给出接近OSS的最优种子集合,这表明FMSS算法可集成到现有映射工具中用于处理更大规模的read mapping问题.

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